يناط بوكالة الجامعة للفروع المهام والمسؤوليات التالية:
· متابعة تطوير الكليات وذلك بإستكمال أقسام الكليات القائمة
· إقتراح إنشاء كليات جديدة
· تقديم المساعدات الأكاديمية للكليات بما يتناسب مع متطلبات التطوير والجودة
· استقطاب أعضاء هيئة تدريس متميزين بمختلف التخصصات ومعايير عالية تتوافق مع ضمان جودة العملية التعليمية
· اقتراح الآليات المناسبة لتطوير المنشئات التعليمية وإختيار الوسائل اللازمة لتحقيق ذلك
· التنسيق مع الجهات ذات العلاقة داخل الجامعة وخارجها في الشئون الأكاديمية والمالية والإدارية
· الإشراف والتأكيد علي تنفيذ سياسات الجامعة في القبول والتسجيل وضمان جودة العملية في كافة مراحلها
· متابعة الخطط الدراسية مع الكليات للوقوف علي التحديات وإقتراح التطوير اللازم للتغلب علي هذه التحديات